June 15, 2021

De Nueva York a Tokio, un atlas de microbios del metro

It hay gérmenes y virus en el transporte público: esto no es de extrañar, y menos desde el brote de Covid-19 en nuestras vidas. Es más, cada ciudad tiene su propia huella microbiana, una firma que le es específica, según revela un estudio publicado el 26 de mayo en la revista científica. Célula. Por tanto, la mezcla de microorganismos no es la misma en París, Tokio, Londres, Sydney o Río de Janeiro.

“Dame tu zapato y, si lo secuenciaré, probablemente podría decirte de qué parte del mundo eres”, asegure el New York Times Christopher E. Mason, el genetista que dirigió esta investigación a gran escala. Con este estudio, que movilizó a 900 investigadores y voluntarios, los científicos ahora pueden identificar de dónde proviene una muestra con una precisión del 88%.

Si toma el metro en Nueva York, por ejemplo, es muy probable que el cóctel de microorganismos que se encuentra debajo de la suela sea rico en “Comprobando Carnobacterium “, Una bacteria productora de ácido láctico muy tolerante a las bajas temperaturas, señala la revista Ciencias. De manera más general, la composición de los perfiles microbianos del transporte en las ciudades de América del Norte y Europa difiere de los del este de Asia, mientras que el transporte urbano más cercano al ecuador es más diverso. microbiano que los que están lejos de él. Geografía, clima o incluso forma de vida… Los investigadores ahora quieren entender cuáles son los factores que dan a cada ciudad su “firma” específica.

“Nuevas formas de vida”

Para llegar a estos primeros hallazgos, investigadores del consorcio internacional MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes) llevaron a cabo muestras en transporte público en cerca de sesenta ciudades y en seis continentes durante dos años, de 2015 a 2017. Cerca de 4.800 muestras fueron recolectados con hisopos frotados en torniquetes, en máquinas expendedoras de boletos, en los bancos de las estaciones de metro o incluso en las barras de los vagones del metro. Y para las ciudades que no tienen una red de metro, se tomaron muestras de autobuses y trenes.

Buceando profundamente en las entrañas de los centros urbanos, el equipo de científicos encontró “Una extensión y un tesoro de nuevas formas de vida”, dice Christopher E. Mason, fundador del consorcio MetaSUB. “Las balaustradas y los bancos de nuestras ciudades a veces tienen tanta o más diversidad de la que se encuentra en un bosque tropical”, agrega el profesor de genética, fisiología y biofísica de la Universidad de Nueva York Weill Cornell Medicine.

Con estos miles de hisopos, los investigadores lograron crear un atlas de “Ecosistemas microbianos en áreas urbanas”, disponible en ” información abierta ” : todo el mundo puede acceder a él libremente. “Estos datos serán analizados durante décadas”, se regocija Adam Roberts, microbiólogo de la Escuela de Medicina Tropical de Liverpool, entrevistado por Ciencias. Para Erica Hartmann, microbióloga de la Northwestern University citada por el New York Times, esta investigación es una tremenda contribución científica: ”Es enorme. El número de muestras y la diversidad geográfica de las muestras… No tiene precedentes. “

Los resultados de estas muestras, tomadas entre 2015 y 2017, están disponibles en “datos abiertos”.  Aquí, una de las muestras recogidas en París, en la Gare d'Austerlitz.

No necesariamente patógenos

Pero si Los investigadores del consorcio internacional lograron identificar 4.246 especies de microorganismos ya conocidos, sus descubrimientos no se detienen ahí. Casi 11.000 virus y 748 bacterias nunca referenciados hasta ahora también se identificaron después de la extracción y secuenciación del ADN de cada muestra. Una novedad que ahora requiere más investigación para conocer su impacto en nuestra salud. “La crisis de Covid-19 ha puesto de relieve la necesidad de una vigilancia microbiana extensa”, podemos leer en el estudio, que continúa:

El mapeo genético microbiano de entornos urbanos proporcionará herramientas para que los funcionarios de salud pública evalúen riesgos, mapeen epidemias y caractericen genéticamente las especies problemáticas.

Descifrado: Las empresas de agua comienzan a rastrear variantes en las aguas residuales

Sin embargo, la gran mayoría de los organismos identificados presentan poco riesgo para los humanos, dicen los expertos. Si bien se desconoce la función y la fuente de muchos de estos microbios, no hay nada de qué preocuparse, según David Danko, director de bioinformática de MetaSUB. Los gérmenes forman parte de nuestra vida diaria y estamos en contacto constante con ellos. “Pertenecen al ecosistema en el que vivimos como humanos”, recuerda de nuevo. “La mayoría de ellos no son patógenos, probablemente sean inofensivos y algunos de hecho pueden ser beneficiosos”dice Noah Fierer, microbiólogo de la Universidad de Colorado en Boulder.

Mientras espera obtener más información, el equipo de investigadores, armado con hisopos estériles y tubos de recolección, continúa su cosecha en los subterráneos de todo el mundo. Planean expandir su investigación sobre aguas residuales, aprendemos Científico nuevo. Este trabajo sobre las “firmas urbanas” de los microorganismos debe continuar para comprender cómo influyen en nuestra salud y podrían, en fin se ven a sí mismos utilizados en investigaciones forenses.

Vea el blog de Sylvestre Huet, Science2: Por qué y cómo rastrear el coronavirus en las aguas residuales

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